病毒首先感染上皮、內皮等非專職免疫細胞或首先感染免疫細胞，這直接影響免疫反應的啟動與維持過程。針對這一重大問題，闡明與感染建立相關病毒基因組編碼產物的結構特征及生物學功能，病毒復制周期的生物學過程全自動氮吹儀、關鍵分子事件及影響其復制的關鍵宿主因子；揭示病毒攻擊靶細胞的應激反應特征和作用機理，引發細胞死亡的類型、機制及其生物學效應；闡釋病毒變異、感染細胞路徑及其對感染建立、病毒復制、先天免疫和特異性應答啟動的影響和調控機制；針對病毒或宿主基因或蛋白發現干預靶點，發現特異性或廣譜性藥物或免疫制劑先導化合物；開展不同人類冠狀病毒（包括高致病性冠狀病毒、季節性冠狀病毒）感染復制和免疫機制的比較研究，發現共性干預靶點，闡明不同冠狀病毒致病性差異的生物學基礎全自動氮吹儀。 采用免疫組學、生物信息學技術、基于疾病動物模型、臨床隊列等，發現和鑒定病毒激發固有免疫應答的危險信號和獲得性免疫應答的抗原表位信號，闡明免疫應答的啟動機制，及其與保護性應答和損傷性應答的關系；闡釋病毒演化變異過程中或在宿主免疫壓力下，所產生的不同病毒亞型是否具有交叉或優勢表位、跨種感染潛能及逃避免疫識別的能力。